С января 1987 года руководство институтом принял доктор технических наук, профессор Анатолий Борисович Козаченко. В этот период произошли значимые структурные изменения. Путем объединения факультетов промышленного и гражданского строительства со строительно-технологическим был образован единый строительный факультет, исполняющим обязанности декана которого стал кандидат технических наук, доцент Анатолий Иванович Воронков.

Значительным шагом стало создание факультета общенаучных дисциплин под руководством кандидата физико-математических наук, доцента Федора Даниловича Влацкого. В состав факультета вошли кафедры высшей математики, теоретической механики и общей физики. На электротехническом факультете начала работу новая кафедра промышленной электроники и информационно-измерительной техники под руководством доктора технических наук, профессора Владимира Дмитриевича Шевеленко.

Сложная экономическая ситуация в стране негативно отразилась на развитии института. Сократилось количество договоров с предприятиями на подготовку специалистов, что привело к ухудшению основных показателей работы вуза. Ситуация начала меняться осенью 1988 года после избрания секретарем парткома института заведующего кафедрой ТЭРА кандидата технических наук, доцента Виктора Анатольевича Бондаренко. Проявив качества настоящего лидера, он взял на себя ответственность за сохранение государственного статуса учебного заведения и сумел объединить вокруг себя наиболее активную часть коллектива для преодоления возникших трудностей.

13 января 1989 года произошли изменения в руководстве института. Приказом Министерства высшего образования РСФСР Анатолий Борисович Козаченко был освобожден от должности ректора и переведен на преподавательскую работу в сельскохозяйственный институт. Временно исполняющим обязанности ректора был назначен проректор по научной работе доктор технических наук, профессор Владимир Дмитриевич Шевеленко. Впервые в истории института предстояли выборы нового ректора всем коллективом вуза.