3 февраля 1989 года произошло значимое событие в истории института – на конференции трудового коллектива ОрПИ ректором был избран кандидат технических наук, профессор Виктор Анатольевич Бондаренко, занимавший должности секретаря парткома института и заведующего кафедрой ТЭРА. Министр высшего и среднего специального образования РСФСР утвердил его в должности ректора приказом от 24 февраля 1989 года.

В январе того же года произошло расширение института – к нему был присоединен филиал Всесоюзного заочного политехнического института в Орске согласно совместному приказу Государственного комитета СССР по народному образованию и профильного министерства РСФСР.

Институт активно развивался в образовательном направлении. В 1989 году для качественной подготовки будущих студентов была создана начальная инженерная школа. В следующем году открылась аспирантура по четырем техническим специальностям под руководством Татьяны Васильевны Макаровой.

Февраль 1990 года ознаменовался важным визитом – институт посетил Иван Филиппович Образцов. Он провел встречи со студентами и преподавателями, посетил производственное объединение «Стрела». Результатом этого визита стало совместное решение исполнительного комитета Оренбургского областного совета народных депутатов и министерской коллегии о совершенствовании подготовки специалистов в институте.

При новом ректоре значительное внимание уделялось развитию материально-технической базы. В 1990 году были реализованы важные инфраструктурные проекты: построен переход между первым и вторым учебными корпусами, открыт студенческий санаторий-профилакторий. Также был утвержден проект строительства учебно-лабораторного корпуса для автотранспортного факультета. Под руководством Виктора Анатольевича Бондаренко началась масштабная структурная реорганизация института.

В 1991 году появились первые экономические специальности: «Экономика и управление в машиностроении» и «Экономическая информатика и автоматизированные системы в управлении».

Важным научным достижением стало создание в 1993 году первого совета по защите кандидатских диссертаций по специальности «Автоматизация технологических процессов и производств» под председательством доктора технических наук, профессора Рамзеса Талгатовича Абдрашитова. В том же году институт успешно прошел первую государственную аттестацию, а в 1994-м получил первую лицензию Госкомвуза России № 16Г-371.

В сентябре 1994 года произошло присоединение Оренбургского филиала Всероссийского заочного финансово-экономического института. Это позволило открыть новые специальности «Финансы и кредит» и «Бухгалтерский учет и аудит». Был создан финансово-экономический факультет с соответствующими профильными кафедрами.

Материальная база вуза существенно укрепилась благодаря завершению строительства учебных корпусов: в 1991 году введен в эксплуатацию корпус № 4 площадью 3900 квадратных метров, а в 1995-м – корпус № 6 площадью 3289 квадратных метров. В 1996 году были построены жилые дома для преподавателей и сотрудников на улице Терешковой, 10/5 и 10/6.

Качественные изменения в структуре подготовки специалистов привели к повышению статуса учебного заведения. Приказом Госкомвуза РФ от 25 октября 1994 года № 1049 Оренбургский политехнический институт был преобразован в Оренбургский государственный технический университет. Спустя чуть больше года, 25 января 1996 года, приказом № 160 вуз получил название Оренбургский государственный университет.

Этот значимый переход стал результатом плодотворной работы руководства университета: ректора Виктора Анатольевича Бондаренко, первого проректора Бориса Ивановича Огорелкова, проректора по учебной работе Владимира Петровича Ковалевского, проректора по научной работе Гарри Альбертовича Кецле и всего преподавательского состава. Университет принял девиз великого Ломоносова «Ученье разум просвещает» и утвердил собственную символику – эмблему, флаг и гимн.

Значительное развитие университета в 1997 году получило государственную поддержку благодаря Постановлению № 1279 «О мерах по развитию Оренбургского государственного университета», подписанному председателем Правительства РФ Виктором Степановичем Черномырдиным. Документ обеспечил существенное расширение материально-технической базы и увеличение финансирования вуза. В собственность университета перешли крупные объекты: Дворец культуры «Россия» на 800 мест, Дворец спорта «Пингвин» с бассейном, Дворец юных техников «Прогресс», одноименный стадион, конноспортивная база и учебно-производственный центр с мастерскими на 800 мест. В этот период также была создана автономная некоммерческая организация «Научно-технологический парк „Технопарк ОГУ“» под руководством кандидата технических наук, доцента Ивана Ивановича Лисицкого.

Важным событием стала закладка 27 января 1998 года научной библиотеки ОГУ в присутствии министра общего и профессионального образования РФ Владимира Георгиевича Кинелева. Торжественное открытие библиотеки состоялось спустя почти десять лет – 9 октября 2007 года.

В 1998 году ректор ОГУ Виктор Анатольевич Бондаренко был избран депутатом Законодательного собрания Оренбургской области. С этого же года начал издаваться научный «Вестник Оренбургского государственного университета».

В 1999 году университет успешно прошел государственную аттестацию и аккредитацию. Был создан первый совет по защите докторских диссертаций по специальностям «Общая педагогика» и «Теория и методика профессионального образования» под председательством доктора педагогических наук, профессора Аиды Васильевны Кирьяковой.

17 февраля 1999 года начал работу Интернет-центр ОГУ под руководством кандидата технических наук Виктора Владимировича Быковского. В центре оборудовали восемь компьютерных классов со 134 рабочими местами для свободного доступа преподавателей и студентов к сети Интернет.

Осенью того же года, 1 сентября, состоялась церемония освящения и закладки первого камня часовни. К январю 2001 года строительство завершилось, и часовня получила статус храма Святой мученицы Татианы при ОГУ.

Стремительное увеличение числа студентов потребовало существенного расширения инфраструктуры университета. В этот период были введены в эксплуатацию новые важные объекты: наземная станция спутниковой связи, учебные корпуса № 10, 11, 12, а также общежитие № 4, предназначенное для аспирантов.

Значимым приобретением стал производственный комплекс ГП «Оренбургский аппаратный завод», на основе которого был создан учебно-научно-производственный комплекс. После капитальной реконструкции здесь появились учебные корпуса № 14 и № 15, ставшие домом для трех факультетов: информационных технологий, физического и электроэнергетического.

Период с 1995 по 1998 год ознаменовался активной интеграцией образовательных учреждений региона. В состав университета последовательно вошли Оренбургский колледж электроники и бизнеса, Оренбургский индустриально-педагогический колледж, Орский политехнический колледж и Бузулукский колледж промышленности и транспорта. Важным событием стало присоединение Орского государственного педагогического института имени Т.Г. Шевченко, который объединился с Орским индустриальным институтом (филиалом) Оренбургского государственного университета, образовав Орский гуманитарно-технологический институт (филиал) ОГУ.

Дальнейшее развитие университетского комплекса привело к созданию филиалов в Бузулуке, Бугуруслане, Новотроицке, Уфе, Акбулаке и Кумертау. Были также основаны гуманитарный юридический колледж, лицей-интернат для талантливых детей из сельской местности и малых городов Оренбуржья, Межотраслевой региональный центр повышения квалификации и профессиональной переподготовки специалистов.

Международное сотрудничество развивалось через партнерство с учебными заведениями США, Германии, Японии и Дании. Особенно плодотворными стали связи с Мюнхенским университетом имени Людвига — Максимилиана, где проходили стажировки студентов и преподавателей в области немецкой филологии. Знаковым достижением стало сотрудничество с датским Университетским колледжем имени Витуса Беринга в Хорсенсе, результатом которого стала программа двойных дипломов для студентов строительных, экономических и филологических специальностей, запущенная в 2002 году.

Период руководства Виктора Анатольевича Бондаренко ознаменовался масштабной трансформацией учебного заведения. Политехнический институт превратился в многопрофильный государственный университет с мощной производственной базой и современной инфраструктурой. За это время произошел впечатляющий рост по всем ключевым показателям: количество студентов увеличилось практически в девять раз, спектр образовательных программ расширился в десять раз, материальная база университета возросла в 131 раз, а общая площадь помещений – в шесть раз.

Существенно укрепился научно-педагогический потенциал вуза. Число аспирантов и докторантов выросло в 60 раз, докторов наук и профессоров стало больше в 17 раз, а кандидатов наук и доцентов – в 2,5 раза. Объем научных исследований в денежном выражении увеличился в 125 раз.

Создан университетский комплекс, включающий базовый вуз в Оренбурге и филиалы в городах Орске, Бузулуке, Новотроицке, Уфе, Бугуруслане и Акбулаке. В структуру также вошли пять колледжей и лицей-интернат для талантливых детей из сельской местности и небольших городов области. Головной вуз расширился с пяти факультетов в 1989 году до девятнадцати, включив также пять научно-исследовательских институтов.

Значительно развилась образовательная и социальная инфраструктура. Появились докторантура и аспирантура, учебно-научный лечебный комплекс, ботанический сад, загородный оздоровительный комплекс «Искра», санаторий-профилакторий, комбинат питания и торговли. На базе промышленных предприятий были организованы учебно-научно-производственные комплексы. Открылись специализированные центры: Интернет-центр, Центр дистанционного обучения, Центр информационных технологий.

Важным достижением стало создание Ассоциации «Оренбургский университетский (учебный) округ», Начальной инженерной школы для старшеклассников и Межотраслевого центра повышения квалификации. Университет обзавелся собственным Дворцом культуры, бассейном, стадионом. Были построены общежития для студентов, аспирантов и молодых преподавателей, а также жилой городок для профессорско-преподавательского состава.

Знаковым событием стало возведение семнадцатиэтажного здания научной библиотеки ОГУ, которое не только стало символом университета, но и преобразило архитектурный облик Оренбурга.